同济大学德国研究中心制定了《同济大学德国研究中心（智库）章程》， 实行理事会领导下的主任负责制，实行小机构大网络的运行机制和新型的内部管理制度。

同济大学德国研究中心理事会现由同济大学校长陈杰任理事长，同济大学副校长江波任执行副理事长，理事还包括：吴志强（同济大学副校长、中国工程院和德国工程院院士）、 吴启迪（国家自然科学基金委员会管理科学部主任，教育部原副部长、同济大学原校长）、 何亚非（国务院侨务办公室原副主任，外交部原副部长）、 杨洁勉（上海国际问题研究院学术委员会主任）、 韦国强（德国商业银行股份有限公司金融机构部中国区董事总经理） 。理事会每年召开年度会议一次，自 2015 年中心理事会成立以来，已召开 4 次理事会会议。 2016 年 5 月，德国波恩大学政治学讲座教授、波恩大学全球研究中心主任辜学武被聘为中心战略顾问； 2019 年 3 月，同济大学名誉教授、 中国前驻德大使史明德被聘为中心特别顾问。

中心设专职主任、专职副主任各1名，负责执行理事会决议，并向理事会作年度工作计划和工作报告、财务预决算报告；主持智库的日常工作；聘请专职和兼职研究员、管理人员；提出智库顾问人选等。中心主任现由郑春荣教授担任，伍慧萍教授任中心副主任。中心采用小机构大网络的现代运行机制，为研究人员配备高素质的行政人员团队，坚持“学术主导、行政支持” 的发展原则。

中心设有专职行政管理人员5人，包括办公室主任1名，全面负责中心行政事务和财务管理；项目主管2名，主要负责智库项目、成果与活动管理；宣传主管2名，负责智库成果的对外推广以及微信、微博、网站等公共宣传平台。