1月20日，拜登上任当天，特朗普时代饱受摧残的德美关系仍未迎来预期的愈合迹象。拜登提名的美国国务卿布林肯（Antony Blinken）在提名听证会上表示，将尽一切努力阻止北溪2号输气管道工程完工，拜登政府将“动用一切手段，劝说我们的盟友，包括德国在内，停止推进这一项目”。
对此，默克尔21日在新闻发布会上回应称，她愿意与拜登新政府讨论北溪2号工程以及相关的制裁措施。“我们愿意与美国新政府讨论（北溪2号项目），因为这一项目在美国民主共和两党内备受关注，同时在欧洲各国也备受关注。但是，我们同时也应该探讨，在与俄罗斯的天然气项目合作中，哪些是可以接受的，哪些是不能接受的。事实上，美国和俄罗斯在石油领域并非没有合作项目。因此，我们必须把这个问题搬到桌面上讨论，看看我们是否不再需要同俄罗斯在天然气项目上展开贸易合作，或者，什么程度的合作是可以允许的。”
默克尔同时就美国对俄罗斯管道铺设船实施新的制裁提出异议，“我认为，这种长臂制裁并不合适”。美国财政部19日宣布制裁北溪2号项目铺管船“福尔图娜”号及其所属一家俄罗斯企业，任何向俄出售、出租或提供产品、服务、技术、信息或支持，用于“建设俄罗斯能源出口管道”，都将受美国制裁。迫于压力，瑞士苏黎世保险集团19日宣布，终止为北溪2号提供保险服务。德国比尔芬格公司也表示，终止与北溪2号股份公司的合同。
北溪2号俨然成为德美之间一个难以打开的心结，并且将延续到拜登新政府。
但是，德美矛盾并非仅限于北溪2号，在贸易平衡、国防开支、外交和安全等领域，德美之间摩擦不断。
贸易领域，德国长期保持对美贸易顺差，2019年达473亿欧元。特朗普多次在公开场合指责“德国人占尽便宜，却在防务费分摊等方面选择逃避”，并威胁要对欧洲的汽车进口施加关税。
国防开支问题上，特朗普也多次批评德国承担防务开支不足，没有满足把GDP2%的份额用于防务开支的义务。据北约估计，德国在2019年的国防开支占其GDP的1.38%，而美国的防务开支占GDP比例为3.42%。去年7月，美国宣布从德国撤出1.2万名美军，引发德国政界对于欧洲安全的普遍担忧，德美关系进一步受挫。
拜登上任第一天，签署十几项行政令，大幅扭转特朗普时期的政策，尤其是在涉及跨大西洋关系的几个敏感领域，如重返《巴黎气候协定》、重回世卫组织等等。加上之前拜登曾表示，有意增加驻德美军数量，让外界对拜登打破德美僵局产生一丝期待。
德国政府跨大西洋合作协调员拜尔（Peter Beyer）说，德美之间的问题不会自动消失，但是拜登当选后，双方在建设性和相互尊重的基础上展开对话，寻求共同解决方案，这个可能性还是存在的。
德国米歇尔基金会副主席布洛克霍夫（Thomas Kleine-Brockhoff）认为，“一位国际主义者取代了一位民族主义者”，但这并不意味着能时钟倒转，仅仅宣布“我们回来了”并不能弥补德美之间业已存在的信任鸿沟。
其中，首要的关键是贸易。美国和欧盟之间的贸易总量占全球GDP的30%以上，双方围绕关税补贴、数码税、贸易逆差等问题的争端不会因为拜登的上台而减弱。布洛克霍夫说，如果德美能够签署德美贸易协定，这将是德美关系缓和的重大信号，但就目前美国的国内政治生态而言，这种可能性微乎其微。“拜登面临党内左翼和工会的压力，对于欧盟提出的要求不可能做出让步，反而会继续延续特朗普主义的路线，与自由贸易的精神背道而驰。
而在德国国内，业界对于搁浅的跨大西洋贸易与投资伙伴协定（TTIP）也越来越没有兴趣。Korber基金会的调查表明，大多数德国人认为，美国不是捍卫全球自由贸易的伙伴。不过，专家也指出，拜登当选后，美国和欧盟之间旨在寻求共同贸易标准的一些小型组织或同盟关系可能会更容易建立起来，比如欧盟去年年底提出的“联合贸易和技术委员会”。
此外，《明镜》周刊、“德国之声”等德媒均指出，拜登时代，与中国的关系将成为跨大西洋合作关系中的一大变量。
美国正在寻求与中国“脱钩”，尤其是在经济和技术领域。欧盟虽然也将中国视为“系统性对手”，但在贸易领域仍然强烈依赖中国，尤其是德国，2019年至2020年，德国对华出口上升了14%。
布洛克霍夫说，德国和美国需要在对华关系问题上寻求合作，一种可能的解决办法是，美国放弃与中国“脱钩”的战略，欧盟更加重视美国提出的安全和技术领域的担忧，比如，5G技术的应用。此外，在世贸组织改革问题上，德美也可能联手，在某些问题上形成牵制中国的共同立场。
